Tak się zdarza bardzo często! PCR dodatni z krwi świadczy o tym, że akurat we krwi jest bakteria. Ale to zdarza się bardzo rzadko, bowiem bakteria wywołująca boreliozę wstrzyknięta przez kleszcza szybko z krwi dostaje się do tkanek czy narządów np. stawów czy mózgu. Jeśli krętek boreliozy jest w tkankach czy narządach, to PCR wyjdzie ujemny, ale za to mogą wyjść dodatnio testy Elisa czy Western-Blot, bowiem testy te informują o tym, że obecność krętka boreliozy w naszym organizmie rozpoznał nasz układ odpornościowy. To samo dotyczy np. płynu mózgowo-rdzeniowego-PCR może wyjść ujemny, bo krętek boreliozy może być schowany w mózgu, za to dodatnio mogą wyjść testy Elisa czy Western-Blot